- Gegevens
Een gedeeltelijke zonsverduistering aan de overkant van onze straat. #home #eclipse
- Gegevens
De
BiGGrid gebruikersdag wordt georganiseerd in de Beurs van Berlage in Amsterdam. Als je door het moderne glazen plafond breekt komt je in het oude monumentale gebouw. #conference
- Gegevens
Ons team werkt samen met een aantal taskforces in de bio-informatica. Elk van die taskforces is gestart om samen te werken aan de ontwikkeling van een platform voor hun deelgebied: een set softwaretools die samenwerken om de problemen op te lossen die iedereen in het veld moet oplossen. Voor de ontwikkeling van het platform zijn geen nieuwe bioinformatica-ontwikkelingen nodig: het doel is om bestaande tools samen te voegen.
Het voordeel van het beschikbaar hebben van deze platforms ligt voor de hand:
- voor een bioloog bestaat het voordeel erin dat alle de facto standaard tools met één druk op de knop beschikbaar zijn.
- voor een gespecialiseerde bio-informatica-onderzoeker die aan een nieuwe tool werkt, is het voordeel dat hij niet te maken heeft met de fijne kneepjes van alle andere tools, en zijn nieuwe tool in het platform kan pluggen met behulp van goed beschreven protocollen.
Om tot de ontwikkeling van een dergelijk platform te komen, is er een bootstrapping-probleem. De situatie is als een tafel met aan de ene kant biologen en aan de andere kant bio-informatici. Boven de tafel een dikke (vulkanische?) mist. De lay-out van het platform is in diagrammen op tafel getekend: alle tools die de gemeenschappelijke workflow vormen, met al hun relaties. Aan de kant van de bio-informatici geeft het schema de concrete handvatten weer. Door de mist kunnen ze vaag de workflow aan de andere kant van de tafel zien. Voor de biologen ziet de situatie er heel anders uit: zij hebben een duidelijk zicht op de concrete workflow die ze nodig hebben, maar de tools zijn vage entiteiten die alleen zichtbaar zijn door de dichte mist.
Zonder goede ondersteuning van een projectleider die kan luisteren naar mensen aan beide kanten van de tafel, zullen de bio-informatici de zeer concrete problemen die ze tegenkomen proberen op te lossen met hun zeer concrete individuele tools. Een beetje optimalisatie hier, een betere dataopslag daar. Niets hiervan is zichtbaar voor de biologen.
Daarom zetten we projectleiders van ons engineeringteam in elk van de taskforces. Ze zullen de focus van de bio-informatici richten op meer zichtbare veranderingen. Werk aan gemeenschappelijke gegevensformaten. Werk aan (gemeenschappelijke) gebruikersinterfaces.
Door de vertaalslag ontstaan de echte samenwerkingsvoordelen. Die zal de mist wegblazen. Plots kunnen de biologen zien wat er aan de hand is. Zij kunnen gerichte feedback geven. En de bio-informatici zullen de workflow zelfs van hun kant kunnen zien en erop kunnen voortbouwen.
Afbeelding: drie weergaven van drie tafels, door EJP Photo op Flickr.
- Gegevens
Workshop over kwaliteit van software bij de 5e NBIC-conferentie. Het onderwerp wordt geintroduceerd door Machiel Jansen van SARA. #nbic5
- Gegevens
NBIC
hackathon net begonnen. Wat kunnen we aan elkaar knopen? #nbic #hackathon #work
- Gegevens
Op de ochtend van 8 juni 2004 ging de planeet Venus voor de zon langs. Omdat het mooi weer was heb ik op het dak van ons kantoor in Delft onze telescoop opgezet en een beeld van de zon op een wit vel papier geprojecteerd. Gedurende de zes uur die het spektakel duurde zijn we regelmatig met verschillende collega's live gaan kijken.
- Gegevens
Ik ben (een beetje laat) gegrepen door de Puzzling Adventures van december 2003 van Dennis E. Shasha in Scientific American: verrassende reeksen.